会前培训

第二届中国计算蛋白质组学研讨会(CNCP2012)
质谱数据分析技术培训
2012年11月13日(星期二)
中国科学院计算技术研究所四楼报告厅


培训安排暂定如下(如有修改,我们会及时在网站上通知):

时间

内容

报告人

备注

8:30-9:00

注册,缴纳培训费,领取会议资料

(计算所一楼大厅)

培训费每人500元,
报到时现场缴纳现金。

9:00-10:00

1. 质谱数据常用分析方法
   Approaches to MS Data Analysis

孙瑞祥

Sun Ruixiang

 

10:00-11:00

2. 质谱数据分析评测与实践
   MS Data Analysis: Evaluation and Practice

孙瑞祥/邬龙

Sun Ruixiang/Wu Long

带上笔记本电脑,提前

申请pFind的注册码和

下载准备搜库的质谱数据。

11:00-11:20

休息与讨论

 

 

11:20-12:20

3. 蛋白质修饰鉴定的计算问题与方法
   Informatics for Protein Modification Identification

付岩

Fu Yan

 

12:30-13:30

午餐与午休

 

午餐地点:融科资讯
A座地下一层餐厅

13:30-14:30

4. 肽段从头测序:算法与软件
   De Novo Peptide Sequencing: Algorithms and Software

迟浩

Chi Hao

 

14:30-15:30

5. 定量蛋白质组学
   Quantitative Proteomics

刘超

Liu Chao

 

15:30-15:50

休息与讨论

 

 

15:50-16:50

6. 蛋白质基因组学
   Proteogenomics

张昆

Zhang Kun

 

16:50-17:50

7. 蛋白质交联质谱技术
  Protein Cross-linking Mass Spectrometry

樊盛博

Fan Shengbo

 

17:50-18:00

问题与讨论

 

 

针对本次培训,我们专门找了一个数据,大家可以试着用pFind或者其他引擎搜索一下,如果遇到什么问题,可以在培训的时候专门询问我们,数据和数据库请见:data.zip,里面包含了mgf谱图文件和fasta数据库文件。

数据信息:样品主要由若干个蛋白混合组成,经过胰蛋白酶(trypsin)酶切后,使用C18反相柱进行色谱分离,使用LTQ-Orbitrap质谱采集数据,采集策略为数据依赖方式(data dependent approach)。一级谱全扫描分辨率设为30000,二级谱碎片离子扫描分辨率设为7500,碎裂方式为高能碰撞裂解(Higher-energy Collisional Dissociation,HCD),碎裂窗口(isolation width)为3 m/z,排除单电荷母离子(charge state 1: rejected)。这样一共得到951张HCD谱图。

下载pFind Studio请到http://pfind.ict.ac.cn/downloads.html,里面包括了如何申请软件安装序列号。